Durant les quelques années de fonctionnement de l’Académie Sainte-Croix, les enseignants qui forment les futures enseignantes sont des professeurs de l’Université de Fribourg qui interviennent bénévolement. Les sœurs n’ont en effet pas les moyens de les rétribuer, mais leur offrent en contrepartie d’assurer la scolarité primaire de leurs enfants, ce qu’elles feront durant plusieurs décennies.

En 1909, lorsque l’Académie devient le Lycée cantonal de jeunes filles, l’Etat de Fribourg intervient comme autorité de nomination : outre le directeur et la Commission des études, le canton, sur proposition de cette dernière, nomme les enseignants et fixe comme exigence qu’ils soient titulaires d’un diplôme universitaire. A l’interne, c’est la Maison Mère de Menzingen qui désigne les religieuses appelées à être candidates aux postes d’enseignantes. Durant plus de la moitié de l’histoire de Sainte-Croix, les religieuses forment en effet la majorité du corps enseignant du Lycée, par mesure d’économie essentiellement, mais aussi afin de garantir les objectifs pédagogiques et moraux propres à l’ordre. Seules quelques laïques complètent l’effectif ainsi que deux religieux : un bénédictin d’Einsiedeln pour les cours de religion et l’aumônerie et un dominicain pour la philosophie. Cette répartition contribue fortement à l’identité catholique du Lycée, ce que renforce le fait qu’une partie des élèves sont internes et partagent le quotidien des religieuses, qui sont également majoritairement alémaniques et non Fribourgeoises, à la différence des laïques qui sont le plus souvent originaires du canton.

Il faut attendre les années soixante pour observer plusieurs évolutions entremêlées : les enseignants francophones deviennent majoritaires, tout comme les laïques. Dès 1964, prenant le relais de l’ordre de Menzingen qui n’en a plus les moyens, l’Etat assure le salaire de tous les enseignants laïcs. L’augmentation régulière des effectifs, qui exige l’ouverture de nouvelles classes pratiquement chaque année, et la baisse des vocations posent de plus en plus de problèmes aux sœurs de Menzingen rapidement minorisées dans leur établissement. Sœur Uta Fromherz est la dernière rectrice de l’ordre alors que la dernière sœur, chargée de cours de mathématiques dans la section alémanique du Collège, prend sa retraite en 2000.

Désormais laïcs en majorité dans les années soixante et septante puis exclusivement, les enseignants de Sainte-Croix sont à l’image de la société qui les entoure : hétérogénéité des origines, relativement faible syndicalisation et vie interne au collège moins prégnante dès lors que l’internat et les activités propres à l’établissement sont moins nombreuses que par le passé. Le moment de discussion et de remise en cause propre au tournant des années 1960 - 1970 n’a pas eu de suite : les débats caractéristiques inspirés du courant participatif sont plus ou moins tombés dans l’oubli, remplacés par la recherche de nouveaux modes de coexistence et d’animations internes.