L'Académie Sainte-Croix, qui ouvre ses portes à l'automne 1904 dans un bâtiment qui vient d'être achevé, a pour mission la formation de jeunes femmes qui se destinent à l'enseignement au degré secondaire. Mais cette voie devient vite caduque puisque, dès l'année suivante, l'Université de Fribourg ouvre ses portes aux étudiantes et rend superflue l'offre des sœurs de Menzingen à Fribourg. Les derniers diplômes seront délivrés en 1919, date de la fermeture de cette filière initiale.

Des tractations sont aussitôt nouées avec la Direction de l'Instruction publique, mais butent sur les exigences d'un Institut des Hautes Etudes ouvert pratiquement à la même date que l'Académie et qui exige le monopole de la maturité pour jeunes filles à Fribourg. C'est en 1909 seulement qu'un accord est trouvé : l'Académie Sainte-Croix devient le Lycée cantonal de jeunes filles, l'Etat, autorité de nomination (direction, commission de surveillance et enseignants), entreprend également les démarches en vue de la reconnaissance de la maturité mais laisse aux sœurs de Menzingen la quasi-totalité des charges financières de l'établissement, ce qui fait du Lycée un établissement privé avec un monopole protégé par l'Etat. Le programme est établi sur un modèle bâlois et sa mise en œuvre démarre à l'automne de la même année.

Jusqu'à la fin des années cinquante, le Lycée cantonal de jeunes filles porte la marque des sœurs de Menzingen et de leur projet : un établissement bilingue mais à connotation nettement alémanique, un enseignement marqué par une forte imprégnation du catholicisme et de sa vision du rôle de la femme dans la société : chrétienne, mère de famille et, le cas échéant, se destinant à des études supérieures. Organisé sur sept ans, le programme prévoit une spécificité qui n'est pas propre à Sainte-Croix : si les premières années sont réparties selon la langue des élèves, les dernières sont bilingues, élèves et enseignants s'exprimant dans la langue de leur choix.

Autant le premier demi-siècle peut dégager l'image d'une période de solide stabilité et de timide ouverture au monde ambiant perçu plus comme une menace que comme une référence dynamisante, autant le second demi-siècle paraît empreint d'évolutions entremêlées qui éloignent rapidement le Lycée de son modèle originel.

Le nombre d'abord : tournant autour de 150 à 160 élèves jusque dans les années cinquante, le Lycée accueille par la suite de plus en plus d'élèves et n'est pas loin d'atteindre le millier à la fin du siècle. Les locaux ensuite, structurellement insuffisants et nécessitant de continuelles adaptations provisoires jusqu'à l'inauguration, en 1983, d'un complexe de bâtiments modernes, mais rapidement insuffisants eux aussi, malgré l'adjonction d'un étage supplémentaire une décennie plus tard. Cette évolution exige l'engagement d'un nombre croissant d'enseignants qui sont plus d'une centaine et, sauf exception, sont désormais laïcs.

La structure interne également : les fonctions directoriales dévolues à des ecclésiastiques sont supprimées en 1970 au profit d'une organisation calquée sur les autres établissements de ce type. Une rectrice dirige un conseil de direction formé des proviseurs auxquels se joint bientôt un administrateur. Ne pouvant plus supporter financièrement les charges d'un Lycée en continuelle et rapide extension, les sœurs de Menzingen sollicitent de plus en plus l'Etat de Fribourg. Il reste naturellement l'autorité de nomination, mais devient aussi dès la même époque, contributeur régulier avant de reprendre l'entier des salaires des enseignants laïcs puis d'étatiser entièrement le Lycée qui devient le Collège Sainte-Croix au seuil des années 1980. La transition, même opérée sur plusieurs années, aboutit à un résultat qui tient un peu du paradoxe puisque, perdant d'une certaine manière une part de son autonomie, le Collège Sainte-Croix est enfin considéré comme un établissement du secondaire II à part entière et cesse d'être considéré comme une annexe de la section littéraire du Collège Saint-Michel. Il peut ainsi offrir toutes les filières de la maturité alors que le Lycée ne permettait de suivre que les types A et B depuis son ouverture, complétés par le type C au début des années 1970 seulement. Mais les premières années sous ce nouveau régime sont difficiles dans la mesure où elles sont marquées par la perte des classes pré-gymnasiales désormais attribuées aux Cycles d'orientation.

L'identité enfin : Lycée plutôt alémanique et accueillant des élèves issues en majorité de familles plutôt aisées, tenu par des religieuses, très marqué par les valeurs catholiques, Sainte-Croix change complètement après le tournant des années soixante. L'augmentation du nombre des élèves aboutit rapidement à en faire un gymnase majoritairement francophone, marqué par l'arrivée massive de jeunes de familles des classes moyennes, gymnase également laïc, fribourgeois et, dès 1973, mixte, même si, la plupart du temps, les étudiantes restent les plus nombreuses. Les anciennes fêtes et les loisirs encadrés par les religieuses disparaissent au profit d'activités moins nombreuses : le collège n'est plus le lieu privilégié des activités jusque-là réservées à une élite sociale, situation renforcée par le fait que les élèves ne fréquentent plus que durant quatre ans un Collège qui les accompagnait autrefois durant sept ans. Le corps professoral évolue parallèlement aux évolutions culturelles et sociales des élèves : les religieuses deviennent très minoritaires et l'empreinte catholique recule en conséquence.

Pris sur le fil de la chronologie, les changements intervenus depuis le tournant des années 1960 s'enchaînent pratiquement continuellement et vont se poursuivre avec la réoccupation de l'ancienne Villa Gallia et l'inauguration d'un nouveau bâtiment d'ici quelques années. Pourtant, le Collège Sainte-Croix a affronté ces eaux parfois tumultueuses avec un succès que confirme une enquête menée en 1990 : une proportion conséquente des élèves consultés invoquent un choix motivé par la qualité de l'encadrement et de l'identité de l'établissement