Jusqu’en 1970, l’Etat de Fribourg nomme un Directeur général qui est toujours un ecclésiastique ; Sœur Marie Speyer est la seule femme à occuper brièvement ce poste. Le Directeur supervise l’ensemble de l’institution. La Direction générale des sœurs de Menzingen nomme de son côté une Directrice qui seconde le Directeur : Supérieure de la communauté des sœurs travaillant à Fribourg, responsable de l’internat et de la gestion du Lycée, elle est le bras droit du Directeur. Elle est à son tour aidée d’une Préfète dès 1937. Cette dernière assume les deux fonctions au fil des années soixante. Ce cumul prépare la réorganisation de la direction qui est confiée dès 1970 à une seule personne qui reçoit le titre de Rectrice (ou Recteur). Mme Christiane Castella, nommée en 2006, est la première francophone à occuper ce poste depuis la fondation du Collège.

Les Directeurs

• Joseph Beck ((1858 - 1943). Directeur 1904 - 1910 puis 1911 - 1943.
• Sœur Marie Speyer (1880 - 1914). Directrice 1910 - 1911.
• Pius Emmenegger (1887-1974). Directeur 1943 - 1950.
• Adolf Vonlanthen. Directeur 1950 - 1970.

Les Directrices

• Sœur Maria-Martha Borsinger (1851 - 1918). Directrice 1904 - 1910.
• Sœur Pascale Reiser (1862 - 1924). Directrice 1910 - 1912.
• Sœur Ignatia Meyer (1865 - 1935). Directrice 1912 - 1924.
• Sœur Iniga Feusi (1890 - 1949). Directrice 1924 - 1930.
• Sœur Vincent de Paul Ebner (1872 - 1960). Directrice 1933 - 1937.
• Sœur Marie-Vérène Mäder (1898 - 1974). Directrice 1937 - 1944.
• Sœur Magnalda Padertka (1888 - 1966). Directrice 1946 - 1952.
• Sœur Romualda Milz (1889 - 1959). Directrice 1955 - 1958.

Préfètes et directrices des études

• Sœur Johana Kuner (1883 - 1963). Préfète (première) 1937 - 1948.
• Sœur Bertha-Augusta Güntensberger (1909 - 2003). Préfète 1948 - 1964.
• Sœur Romualda Etter (1930 - 1986). Préfète 1964 -1970. Devient rectrice 1970 - 1979
• Sœur Uta Fromherz (1928-2012). 1979 - 1988.
• Werner Kull, 1988 - 1997.
• Anne-Marie Schobinger, 1997 - 2006.
• Christiane Castella Schwarzen, 2006 - 2019.
• Gisela Bissig Fasel, depuis 2019.